Już w roku 2001, decyzją Zarządu, rozpoczęto prace nad dostosowaniem Instytutowego Systemu Zarządzania Jakością (ISZJ) do wymogów normy PN EN ISO 9001:2001. Przeprowadzona przez norweską firmę DET NORSKE VERITAS w marcu 2002 roku certyfikacja Systemu wykazała pełną zgodność działania ISZJ z wymogami normy, potwierdzając wysoką jakość prac Instytutu w zatwierdzonym przez audytorów zakresie: "Projektowanie, dostawa, instalowanie i wdrażanie systemów informatycznych wraz ze szkoleniami".
Instytutowy SZJ był co roku audytowany wzgl. recertyfikowany, uzyskując za każdym razem wysoką ocenę jakości realizowanych prac. Ostatnia recertyfikacja, przeprowadzana tym razem przez angielską firmę DAS CERTIFICATION Ltd. miała miejsce w lutym 2008 roku, kolejny raz potwierdzając spełnianie przez ISZJ oraz projekty wykonywane przez Instytut wysokich wymogów normy jakościowej ISO.
